《马达加斯加的企鹅》讲述了一群可爱的企鹅们在一次惊险冒险中的故事。为了庆祝他们最小的成员菜鸟（由克里斯多夫·奈茨 Christopher Knights 配音）的生日，老大（由汤姆·麦格拉思 Tom McGrath 配音）决定带领菜鸟以及他的好搭档科斯基（由克里斯·米勒 Chris Miller 配音）和瑞哥，一同闯入美国黄金储备中心。这一次的目标是寻找金库尽头那台传说中的自动贩卖机，听说它只出售炸薯条，这正是他们的最爱。
然而，事情并没有如他们所愿。就在他们刚刚完成任务，准备享用美味的薯条时，意外发生了——他们被长着触角的贩卖机吞了进去，随后被运送到了一个神秘而封闭的地方。在这个陌生的设施里，四只企鹅见到了伪装成基因遗传科学家的章鱼戴夫（由约翰·马尔科维奇 John Malkovich 配音）。戴夫曾是一只动物园里的明星章鱼，但自从萌态十足的企鹅们来到动物园后，他的光辉岁月便被掩盖，跌入了绝望的深渊。为了复仇，戴夫潜心研制了一种可怕的血清，发誓要对曾经与他同处一个动物园的企鹅们展开报复。
在逃亡的过程中，老大和他的伙伴们得到了北风特工队的救助。这支神秘而高傲的特工队员们与他们携手合作，准备共同阻止戴夫的阴谋，拯救自己和其他企鹅的命运。随着故事的发展，企鹅们展现出了勇气和智慧，面对危险，他们不仅要战胜敌人，还要重新找回彼此之间的友谊和团队精神。整个冒险充满了幽默、惊险和感动，让观众在欢笑中感受到朋友之间的深厚情谊。
